2016年7月31日，中国轨道交通行业首个国家工程实验室——“城市轨道交通系统安全与运维保障国家工程实验室”在广州地铁揭牌，该实验室将开展24项重大科技项目攻关，主攻“安全”方向。卢耀如院士受聘为“城市轨道交通系统安全与运维保障国家工程实验室”专家顾问。在揭牌仪式上，与卢耀如院士同时受聘的还有广州地铁集团公司副总经理刘光武、中国工程院副院长田红旗院士、北京交通大学秦勇教授为副组长、中国工程院外籍院士、美国国家工程院院士Frieder Seible（弗雷德·塞泊）等8位国内外知名专家学者。

  改革开放后，我国城市加速发展，城市交通拥挤日益严重，解决的途径之一，就是快速发展地下空间的轨道交通。目前，我国有三十多个城市正在发展地下空间的轨道交通网络，北京、上海的轨道交通系统已达到500-700公里，广州地铁系统也已达200多公里。但在大力发展地下空间的过程中，地质条件与地质环境成为影响建设、运维的主要客观因素。广州，岩溶地质十分发育，给地铁及航空港建设、运维带来了诸多困难。在解决这些岩溶问题的过程中，卢耀如院士作出了积极的贡献。

  卢耀如院士，中国轨道交通协会的顾问专家，先后多次参与城市轨道交通建设与灾害处理。2003年上海地铁4号线出现大管涌、塌陷，造成地面多幢建筑破坏，他适时结合地铁存在的问题，向时任总理的温家宝同志提出“地下空间开拓（地铁建设）要注意地质环境的效应的建议”，指出了合理规划、地质条件、科学研究的重要性，并强调应有风险意识与风险管理，以及适时防灾等事宜。温家宝同志作出重要批示，要求各级部门及建设单位注意地质环境调查与监测。

  目前，卢耀如院士已在广州地铁集团公司和深圳地质局设有院士工作站。这次受聘为国家工程实验室顾问，可更好的参与和指导珠三角以及全国重要地区的地铁轨道交通建设和地质环境的监测与保护，并为岩溶地质领域培育年青人才。